針對海南農村飲水安全工程水質監測（檢測）率較低的現狀，有相關人員建議建立省中心與市縣中心二級農村飲水水質監測體系，及時公布各級水質監測中心的水質檢測數據，并將水質檢測管理成果報送省委省政府，確保人民群眾喝上放心水、干凈水。
據介紹，雖然省水務部門與衛生部門協調配合，每年定期開展農村飲水水質化驗監測（檢測）工作，然而由于農村飲水安全檢測能力不足，部分工程建成后基本未開展過水質監測（檢測），達不到《生活飲用水衛生標準》（GB5749-2006）中38項水質常規指標和4項飲用水中消毒劑常規指標的檢測要求，農村飲水安全工程水質監測（檢測）率較低。
建立省中心與市縣中心二級農村飲水水質監測體系，其中，海南省水環境監測中心作為省中心；各市縣疾病預防控制中心或取得國家計量認證42項參數的化驗室合作成立市縣農村飲水安全工程水質監測中心作為市縣中心；每年對已建成農村安全飲水工程5939處進行一次或二次的檢測，對106處日供水能力達1000立方米集中式供水工程每月進行一次檢測。
在運行管理機制方面，建議加強運行管理主體責任建設，由省水行政主管部門全面負責，省中心作為水質檢測業務指導部門，逐級開展各市縣農村飲水水質檢測管理機制。省級財政通過撥款或購買服務的模式確保省中心的運行管理，市縣級財政通過撥款或購買服務的模式確保市縣中心的運行管理。各市縣中心按時將水質檢測成果提交市縣水行政主管部門和省中心，省中心將全省水質數據匯總分析，提交給省水行政主管部門進行監督管理，省水行政主管部門對長期出現不符合安全的農村水廠、供水點做出整改意見，并落實整改措施。
